Die Präfektur Nagasaki (jap.長崎県, Nagasaki-ken) ist eine der Präfekturen Japans. Sie liegt in der Region Kyūshū auf der Insel Kyūshū. Sitz der Präfekturverwaltung ist die gleichnamige Stadt Nagasaki.
Die Präfektur Nagasaki liegt im äußersten Westen Kyūshūs. Da die Präfektur sowohl von 3 Richtungen vom Meer umgeben ist als auch aus zahlreichen kleineren Inseln besteht, hat sie nach Hokkaidō mit 4.165 km die längste Küstenlinie Japans.[1] Im Noden und Nordosten grenzt sie an die Präfektur Saga.
Bis 2004 befanden sich auf der Insel Iki, den Gotō-Inseln und der Insel Tsushima die Unterpräfekturen (支庁, shichō) Iki, Gotō und Tsushima. 2004 wurden diese durch die gleichnamigen Regionalbüros (地方局, chihō kyoku) ersetzt.
